Aquilo que Francisco fez é algo que tem a ver com a Igreja inteira. Isto se tornar clara a partir do acontecimento que seu na igrejinha de São Damião, quando lhe foi ordenado pelo Crucifixo: "Francisco, vai e repara minha casa que, como vês, esta toda destruída" (2Cel 10). Inicialmente, Francisco tomou esta ordem ao pé da letra, restaurando três pequenas igrejas. Somente mais tarde, entendeu tratar-se realmente da renovação da Igreja sobre o fundamento que Jesus havia estabelecido. Francisco, portanto, estava bem consciente de que sua primeira tarefa consistia em relembrar o Evangelho à Igreja e a viver as exigências nele contidas. Sua comunidade de frades formava uma ecclesiola, uma mini-igreja, formada segundo os critérios do Novo Testamento. O que Francisco visava era um retorno incondicional ao Evangelho. Apesar de não denunciar publicamente os erros e até a irrelevância da Igreja do seu tempo - pois nem o clero nem a hierarquia jamais ouviu acusações condenatórias de sua boca -, mesmo assim Francisco e os seus irmãos foram testemunhas vivias e sensibilizadoras da própria essência da Igreja.
Assim, a reminiscência da tradição profética estava bastante clara. Mais evidente torna-se quando lembramos que Francisco imitava o comportamento dos profetas do Antigo Testamento, perambulando pelo país como profeta nômade, assim como também Jesus o havia feito com os seus discípulos. A ausência de qualquer tipo de posse, a instabilidade de vida, a pregação da penitência como chamado à conversão, a solidariedade com os pobres e deserdados, são todos sinais distintivos não somente dos profetas bíblicos, mas também de Francisco e do seu movimento na sua fase inicial.
De fato, não era a Igreja primitiva, descrita nos Atos dos Apóstolos, que estava à base do modelo primordial de Francisco. Antes, refere-se muito mais ao estilo de vida assumido por Jesus e seus discípulos, descrito por Mateus (cap. 10) e Lucas (cap. 9 e 10), no "sermão do envio". Assim, Francisco demonstra que ele está unicamente preocupado em obedecer aos objetivos de Jesus.