No dia do aniversário da cidade de São Paulo e da conversão do Apóstolo Paulo, em 25 janeiro de 1940, foi criada a Paróquia de São Francisco de Assis, na Vila Clementino, em São Paulo, por decreto de Dom José Gaspar da Fonseca e Silva, arcebispo metropolitano de São Paulo. A nova paróquia nascia num momento de grande crescimento da Capital paulistana, quando se fundava também no bairro, o Hospital São Paulo, muito próximo da paróquia, e quando se erguia o primeiro e histórico estádio da cidade, o Pacaembu. Curiosamente, a inauguração da Igreja foi feita na festa de outro apóstolo, São Pedro: 29 de junho de 1941.

A criação da nova paróquia aconteceu por sugestão de Dom José. Ele pediu que os franciscanos entregassem à Cúria a Paróquia de Santa Rita. Frei Afonso Junges foi o primeiro frade a prestar assistência à nova paróquia, que foi desmembrada das Paróquias de Nossa Senhora da Saúde, Nossa Senhora Aparecida de Indianópolis e de Santa Genoveva.
A inauguração da Paróquia São Francisco de Assis, há 65 anos, se deu num terreno e num prédio particular da Família Cruz, na rua Borges Lagoa. Frei Junges adoeceu e voltou para o Convento São Francisco. Como seu auxiliar, Frei Honório Nache assumiu o trabalho pastoral. Ele era capelão do Hospital São Paulo e professor da Escola de Enfermagem da Paulista de Medicina na matéria de Ética Profissional, Psicologia e Religião.

Sem residência no local, os frades moravam no Convento São Francisco e vinham para a Vila Clementino de bonde. Vendo a dificuldade de locomoção dos franciscanos, o sr. Abílio de Araújo Vieira doou uma de suas casas aos frades, que foi reformada para servir como residência e atendimento paroquial. Em fevereiro de 1942, o Definitório da Província Franciscana da Imaculada Conceição nomeou Frei Efraim Mrosek para dar assistência aos doentes do Hospital São Paulo e auxiliar na portaria da casa paroquial.

Nesta primeira fase, no ano de 1941, Frei Honório fundou as seguintes associações: Apostolado da Oração do Sagrado Coração de Jesus, com 34 associadas, no dia 1º de agosto; Pia União das Filhas de Maria, com 35 congregadas, no dia 15 de agosto; Liga Maria Jesus José, com 16 catequistas; e Congregação Mariana, com 26 congregados, no dia 8 de dezembro.

No ano seguinte, no dia 24 de agosto, foi criada a residência franciscana, com Frei Honório sendo o primeiro guardião, embora os frades fizessem as refeições na Escola Paulista de Medicina, por iniciativa do seu diretor e professor dr. Guimarães Filho.

_ A UNIÃO DOS PAROQUIANOS
Aos poucos, a nova paróquia conquistava os fiéis, que se mobilizavam para construí-la. O sino, as imagens de São Francisco, Santo Antônio e de Nossa Senhora de Fátima foram as primeiras doações, enquanto Frei Efraim Mrosk era transferido para a Vila. Neste ano, com o auxílio de Abílio de Araújo Vieira foi criada a Escola São Francisco, no mesmo terreno da residência dos frades.

A primeira visita canônica na nova igreja foi feita no dia 23 de fevereiro de 1943, quando houve a transferência de Frei Cosmos Balmes, que residia em Santos, para Vila Clementino. Naquela época, o governo brasileiro não permitia que estrangeiros residissem em zonas portuárias e de segurança nacional.

Com a morte do principal benfeitor, o sr. Abílio de Araújo, a paróquia viveu um período difícil. Para não serem despejados em um leilão judicial, os frades venderam o pequeno prédio Escolinha de Santo Antônio, na Av. 11 de junho, 1256, à Congregação das Irmãs Pobres de Nossa Senhora, recebendo o pagamento da seguinte forma: cem contos de entrada e o restante quinhentos contos no prazo de cinco anos, com 5% de juros. Vieram as Irmãs para abrirem a escola em 1949.

_ COMEÇA A CONSTRUÇÃO DA MATRIZ
Em abril de 1949, a planta da matriz feita pelo engenheiro Dr. John Burke foi aprovada pelo Definitório provincial e pelo Cardeal de São Paulo. Após a missa de Ano Novo, Frei Felisberto Inhorst - que assumiu em 1948 - mudou-se para a casa nova, dando início à arrecadação de dinheiro para a construção da nova matriz. No dia 5 de junho deste ano foi lançada, com grande solenidade a bênção da pedra fundamental da nova Matriz de São Francisco de Assis.
Para a construção da igreja, que começa com os porões em 1951, foi necessário preparar o terreno com mais de 2.000m3 de terra, recebida da Prefeitura e do Hospital São Paulo. Neste ano, ficou pronto o salão paroquial Nossa Senhora de Fátima, que foi assumido pela Ordem Franciscana.

Na igreja, começou a construção das torres, cobertas de cobre por ser mais resistente e seguro, a pavimentação do piso, sendo os bancos de madeira ipê e o resto de granito com filetes de metal. Os altares laterais foram construídos em mármores.

Em maio de 1957 ficou pronta a 1ª torre da igreja, com pára-raios, luz, sinaleiros e houve a cerimônia da bênção da cruz da torre, que mede 2m60. No mês de julho foram colocadas os vidros da torre e embaixo o brasão da Ordem Franciscana e da Primeira Missa do Brasil e, no mês seguinte, terminaram a pavimentação e polimento do altar-mor.
No dia 6 de outubro de 1957, na missa dominical das 18h30, foi feita a entronização da imagem de São Francisco de Assis em seu nicho. A Imagem mede 3 metros de altura e a cruz 4m30. A imagem foi doada pelo Sr. Mario Aguiar de Abreu .

No dia 30 de novembro de 1958, domingo, foi solenemente inaugurado o altar dos 26 mártires japoneses de Nagasaki. Neste ano, ficava pronta a segunda torre.

Com a conclusão dos altares de São José, Santo Antônio, Nossa Senhora de Fátima, a igreja ficou pronta internamente.

O próximo passo foi a construção da casa paroquial. No dia 17 de maio de 1960 saiu o alvará para a sua construção. No ano seguinte, a igreja estava totalmente pronta.

A se destacar, no dia 3 de dezembro de 1961 foi celebrada a primeira missa na Associação de Assistência à Criança Deficiente (AACD).

Com a construção de um prédio de 26 andares no terreno onde ficava a casa paroquial, em 2003 a Paróquia ganhou novas instalações e dois novos salões para festas com capacidade para mil pessoas. Hoje, no prédio também funciona a sede provincial da Província da Imaculada Conceição do Brasil.