Em 1777, com a subida ao trono português de Dona Maria I e a conseqüente queda de Pombal, os Franciscanos podem de novo arregimentar novos membros. Às novas permissões seguem-se novas proibições, dependendo da boa ou má vontade do Governo.

O auge das medidas contra os religiosos se dá com um decreto promulgado pelo Ministério da Justiça do Império, de 19 de maio de 1855, proibindo, em absoluto, a recepção de noviços em todas as ordens religiosas no Brasil. Esta medida prendia-se a um pensamente muito divulgado e adotado pelo imperador de extinguir as casas do clero regular e concentrar todo o patrimônio das Ordens nos seminários para a formação de clero secular.
Esta campanha anti-religiosa desencadeada pelo Império Brasileiro contribuiu para que a Província de Santo Antônio chegasse à República com nove frades e a da Imaculada Conceição com apenas um.

Esta campanha anti-religiosa desencadeada pelo Império Brasileiro contribuiu para que a Província de Santo Antônio chegasse à República com nove frades e a da Imaculada Conceição com apenas um.

Como conseqüência, as ordens religiosas foram, paulatinamente, se extinguindo “e era isto que o governo desejava”. Com isto as províncias franciscanas entraram em inevitável declínio numérico e moral. O assunto fez parte da pauta de diversas sessões do parlamento brasileiro. Em 1869, o deputado Pe. Joaquim Pinto de Campos, posicionou-se a favor das ordens religiosas, diz:
“Nosso Governo não tem querido seguir este caminho reto, aliás o mais curto;(...) tem querido por meio de rodeios lentos e prolongados ir cansando e extenuando o inimigo, até que afinal este exale o último suspiro, e então possa dizer o Governo: “Agora, que já não resta um só frade, estes bens devem passar ao patrimônio do Estado”. Não acho leal este meio de exterminação; se o Governo considera inúteis, prejudiciais as ordens religiosas, use de toda a franqueza; mas faça-o legalmente, procurando o concurso do chefe da Igreja, e não por seu próprio arbítrio, mandando fechar as portarias dos conventos, com expressa proibição, em avisos reservados, para se não admitir quem queira se consagrar a Deus”.

Os padres responsáveis pela administração de ambas as províncias franciscanas no Brasil, respectivamente, Frei Antônio de São Camillo de Lellis e Frei João do Amor Divino Costa, estavam preocupados com o declínio numérico dos frades. Para sanar essa limitação, em 1871, procuraram interessar parlamentares, na intenção de verem aprovadas disposições legais que concedessem “a devida licença para admitir noviços” franciscanos, suspensa desde maio de 1855. Na argumentação para a admissão de noviços e evitar o “golpe mortal” ao clero regular, salientavam que a legislação então vigente impunha “a opressão do indivíduo, a violência às vocações, a proibição das associações, o cativeiro da palavra e a servidão da consciência”. O projeto, no entanto, não mereceu aprovação pelas autoridades e “a decadência prosseguiu a largos passos” diante da “forma desarrazoada e cheia de ingratidão” com que o governo tratava as ordens religiosas. Abolida a escravidão em 1888, os franciscanos lembraram ao governo que continuava “a liberdade espiritual escravizada” O Império caminhava para seu fim junto a Ordem Franciscana, o que não fez esmorecer a Frei Antônio de Camillo de Lellis, ao verificar insatisfeito, que suas fileiras diminuíam em vez de aumentarem.

Depois de muitos passos baldados junto ao generalato franciscano em Roma e vários provincialados europeus, conseguiu interessar o Arcebispo-primaz da Bahia, Dom Luís Antônio dos Santos. O único modo de obter a anuência do governo para repovoar alguns conventos com religiosos estrangeiros seria o pretexto da catequese entre os índios. Como na zona sul-bahiana de Belmonte existissem numerosos silvícolas religiosamente abandonados, o prelado fez valer todo o seu prestígio para alcançar a autorização de convidar frades europeus. De fato, teve pleno sucesso. Através do Cardeal Simeoni, prefeito da Propaganda Fidei e presidente do capítulo geral da Ordem Franciscana, conseguiu Dom Luís animar os capitulares reunidos em outubro de 1889.

A pedido da Santa Sé a Província da Saxônia aceitou a missão. O advento da República brasileira retardou a vinda dos missionários até meados de 1891, quando Frei Amando Bahlmann com três confrades, Frei Xisto Meiwes, Frei Humberto Themans e Frei Maurício Schmalor, encetaram o apostolado de Santa Catarina. Antes, seguiram para a Bahia para aclimatar-se no Sul.

A instabilidade política e jurídica do Brasil fez com que os franciscanos alemães se precavessem. Com a República recém proclamada, era preciso esperar pelas disposições religiosas da nova legislação.

Superadas as dificuldades inicias em função da recém-proclamada República do Brasil, o governo provisório, através do Decreto Federal de nº 119-A, de 07 de janeiro de 1890, extingue o padroado “com todas as suas instituições, recursos e prerrogativas” e estabelece a liberdade de cultos no Brasil.
“A liberdade aqui instituída abrange não só os indivíduos e seus atos individuais, mas também as igrejas, associações e institutos em que se acharem agremiados, cabendo a todos o pleno direito de se constituírem e viverem coletivamente, segundo o seu credo  e a sua disciplina, sem intervenção do poder público”.
Na prática, significava a revogação da circular de 19 de maio de 1855 do Ministro da Justiça, Nabuco de Araújo, que proibia a entrada de noviços nas ordens religiosas.

No dia 10 de julho de 1891, os missionários alemães dirigiram-se para Teresópolis para dar início à missão, “reiniciando” a vida franciscana no Brasil através de um novo modelo pastoral.

Teresópolis, segundo Frei Amando Bahlmann: “é uma vila com uma boa igreja. Os católicos não são muito numerosos, mas quatorze povoados pertencem a esta Paróquia”.

Frei Amando visita as colônias circunvizinhas pregando missões, catequizando, doutrinando e administrando os sacramentos a povoações retiradas de Teresópolis – gênero de trabalho religioso considerado eficiente naqueles tempos de colonização, pois atingiam a comunidade inteira.

A Paróquia de Teresópolis foi entregue oficialmente aos franciscanos, por provisão de Dom José Pereira da Silva Barros, Bispo do Rio de Janeiro, que tinha jurisdição eclesiástica sobre a Província de Santa Catarina , em 12 de novembro de 1891.

Teresópolis foi o ponto de partida para novas fundações, como paróquias, conventos e colégios. Os frades partem para Lages e Blumenau em 01 de maio de 1892, quando tomam posse do colégio e da paróquia; Rodeio; Curitibanos e Campos Novos, em 1894; Petrópolis, a partir de 16 de janeiro de 1896 e Curitiba, em 1898. Depois assumem paróquias em Gaspar, Curitibanos, Rio de Janeiro, São José, Florianópolis, Angelina, Palhoça e Estreito.

A Congregação capitular celebrada em Salvador, a 2 de março de 1893, estabeleceu as normas da restauração que os nove religiosos brasileiros do Norte aceitaram com muita esperança. Frei João do Amor Divino Costa, o único remanescente da Província do Sul, conduziu-a ininterruptamente como prelado até 1899, quando chegaram os primeiros religiosos alemães que iriam dar início a restauração.