Em fins do século XVII até o final do século
XIX, o governo civil se intrometeu cada vez mais nos negócios
internos da religião, a ponto de restringir a recepção
de noviços e, em 1855, fechar todos os noviciados
de todas as ordens religiosas. O que dava tamanhos poderes
ao Imperador em assuntos religiosos era o regime de Padroado
Régio.
O número de frades da Província decresceu
rapidamente. Em 1889 se restringiu apenas a um frade,
frei João do Amor Divino Costa, no convento de
Santo Antônio do Rio de Janeiro. Foi quando se deu
a queda Monarquia e o surgimento da República.