Clara de Assis é a co-fundadora que participou quase desde o início da nova visão espiritual. Paul Sabatier, o grande pesquisador da história franciscana, fala dela:
"A figura de Clara não é somente uma reprodução de Francisco, o fundador da Ordem... Ela aparece como uma das mulheres mais nobres descritas por historiadores. Tem-se a impressão de que, por humildade, ela se escondia e procurava desaparecer nos bastidores. Mas também os seus contemporâneos não a apreciavam tanto quanto o merecia, talvez por uma cautela exagerada, ou até motivados pela rivalidade entre as várias fundações franciscanas. Sem esta reserva, Clara seria considerada uma das mais sublimes mulheres mulheres de toda a história".
Inicialmente é preciso frisar que Clara já levava uma vida espiritual intensa antes de encontrar Francisco pela primeira vez. Independentemente dele, já tinha escolhido uma vida radical no estado dos penitentes. Quando Francisco ouviu falar de Clara, entrou em contato com ela e lhe falou do "bom Jesus". Então, Clara o seguiu. Em 1212, Clara juntou-se definitivamente ao movimento franciscano. Num sonho, experimentou a presença de Francisco como a de uma mãe "que a amamentava". Isto consta no depoimento de uma das testemunhas no processo de canonização.
Enquanto Francisco pertencia aos "menores", como membro da rica corporação dos comerciantes do povo de Assis, Clara era membro de uma família de "maiores", quer dizer, um membro da aristocracia. Parece que houve uma espécie de conspiração entre as mulheres na casa desta família nobre: Quando Clara foi viver em São Damião, também suas irmãs consanguíneas, Inês e Beatriz, assim como a mãe Ortolana e a parente Pacífica di Guelfuccio, se juntaram a ela no mesmo convento.
Francisco, então, escreveu uma forma de vida para as "Irmãs Menores", como foram chamadas inicialmente em analogia com o nome original da Primeira Ordem; mas depois receberam oficialmente o nome de "Damas Pobres de São Damião". Clara incluiu o texto escrito por Francisco na sua Regra:
"Vendo o bem-aventurado Pai que, de forma alguma, temíamos a pobreza, o trabalho, a tribulação, a humilhação e o desprezo do mundo, mas que antes queríamos aceitar tudo isso como se fossem as maiores delícias, ele, movido por seu amor, escreveu para nós uma forma de vida nestes termos: "Desde que, por inspiração divina, vos fizestes filhas e servas do altíssimo e sumo rei, o Pai celeste, e desposastes o Espírito Santo, escolhendo uma vida conforme à perfeição do santo Evangelho, quero eu - o que prometo por mim pessoalmente e por meus irmãos - nutrir sempre, a bem de vós, o mesmo diligente cuidado e solicitude como por eles". E ele cumpriu fielmente esta promessa todo o tempo de sua vida e quis que também seus irmãos a cumpriu fielmente esta promessa todo o tempo de sua vida e quis que também seus irmãos a cumprissem" (RgCl VI, 2-4).
A forma de vida escolhida por Clara era até então desconhecida na Igreja. Durante décadas, Clara teve que lutar pelo direito de seguir essa forma de vida franciscana, e sobretudo sua exigência central: a pobreza absoluta. Pois, não era costume e não estava previsto pelo Direito Canônico que uma comunidade de mulheres pudesse receber a aprovação eclesiástica sem possuir bens e sem poder garantir os fundamentos materiais necessários para sua subsistência. Portanto, a Igreja oficial acreditava-se obrigada a impor às irmãs uma forma de vida pré-franciscana, monástica e beneditina.
Somente após uma luta longa e tenaz com a Cúria romana, Clara de Assis, altamente douta e culta (seu latim era clássico), conseguiu o direito de viver o ideal franciscano de modo não mitigado. Pessoalmente, ela escreveu uma Regra, e assim tornou-se - até hoje - a primeira mulher na história a escrever uma Regra monástica. Teve que esperar, porém, pela aprovação papal desta Regra até quase o fim de sua vida.