Francisco está convencido de que sua nova vida é inspirada pelo Espírito. Também aqueles que se juntarem a ele o farão sob "inspiração divina", que é igualmente o impulso original que promove a entrada na comunidade dos irmãos ou determina "a ida para entre os sarracenos".
"Se alguém por inspiração divina, quiser abraçar esta vida e for ter com os nossos irmãos..." (RegNB 2,1).
"Se pois houver irmãos que quiserem ir para entre os sarracenos e outros infiéis, que vão com a licença de seu ministro e servo" (RegNB16,3).
Os passos que levaram Clara e suas companheiras a seguirem o Cristo de modo radical obedecem à mesma lógica:
"Por inspiração divina, vos fizestes filhas e servas do Pai celeste e celebrastes esponsais com o Espírito Santo" (FVCl 1). "O Espírito do Senhor repousará sobre todos que produzem frutos dignos de penitência, amando o senhor de todo o coração, com toda a alma, com toda a mente e com todas as forças e ao próximo como a si mesmo" (Ctfi 1,1; cf. Mt 12,30). Estas palavras de Francisco, que figuram no início tanto da nova Regra da Terceira Ordem Regular como na Regra da Terceira Ordem Secular, evidenciam que a vida de penitência é carismática, animada pelo Espírito. É essa a vida espiritual que une todos os ramos da família franciscana entre si.
Também a missão entre os "infiéis" há de levar a um "novo nascimento", a uma nova vida. Mesmo se os missionários têm de começar a sua missão, vivendo de modo singelo e simples entre os infiéis, contentes em dar testemunha de sua fraternidade. Porém, "quando o julgarem agradável a Deus", anunciarão explicitamente a fé cristã no Deus-Trindade para que os outros "se façam batizar e se tornem cristãos"; pois "quem não nasce da água e do Espírito Santo não pode entrar no reino dos céus" (RegNB 16,1-13). Neste trecho, São Francisco se baseia numa palavra de Jesus, citada por S. João (3,5). De acordo com São João, vê o Espírito Santo como a força vivificante, como princípio vivificador sem o qual não existe vida. Esta convicção impele Francisco a falar nas suas Admoestações, usando as palavras de S. Paulo: "A letra mata, o Espírito dá vida" (2Cor 3,6). "Ninguém pode dizer: Jesus é o Senhor senão no Espírito Santo" (1Cor 12,3).
Através da primeira citação, Francisco adverte que a todo saber ou novo conhecimento adquirido hão de seguir boas obras (Adm 7).
Pois, a pesquisa científica e o saber intelectual matam quando não fazem outra coisa senão satisfazer a curiosidade ou o orgulho. Portanto, toda ciência deve levar à prática, à ação. Motivo e meta da ciência é o amor (cf. Lição 4).
Através da segunda citação, Francisco explica porque se tem de "evitar o pecado da inveja" (Adm 8). Inveja é uma blasfêmia contra Deus, porque todo o bem é inspirado pelo Espírito Santo e pertence a Deus.
Francisco é tão convencido que o Espírito Santo habita no cristão, que ele chega a declarar: "É o Espírito Santo, que habita nos seus fiéis, quem recebe o santíssimo corpo e sangue do Senhor. Todos aqueles que não participam deste Espírito e no entanto ousam comungar, 'comem e bebem sua condenação' (1Cor 11,29)" (Adm 1,13-14). É, portanto, o Espírito vivificador quem decide sobre o ser ou não-ser dos cristãos.