Desde o início, Francisco se considerava um missionário. Isto não é para se admirar, pois sentiu-se tocado em seu íntimo pelas palavras de Jesus ao enviar seus discípulos (cf. Mt 10). Pois essas mesmas palavras tiveram para ele um significado muito especial, determinando sua forma de vida. Por isso, viajava de um lugar para outro na Itália, a fim de conclamar homens e mulheres para a fé em Deus e para uma vida conforme o Evangelho. A mesma coisa desejava realizar entre os povos que ainda não acreditavam em Cristo.
Seis anos após a sua conversão (1212), Francisco pretendia ir à Síria, para pregar aos sarracenos (= muçulmanos). Por causa da tempestade o navio em que viajava foi jogado nas costas da Dalmácia (cf. 1Cel 55). Pouco tempo depois, na companhia de Frei Bernardo, pôs-se a caminho do Marrocos, atravessando a França e a Espanha (cf. 1Cel 56). Mas, na Espanha, foi acometido por forte ataque de malária e teve que regressar. Fracassou, pois, também esta segunda viagem missionária.
Mas Francisco não desistiu da idéia de uma missão ao Islamismo. Em 1219, no Capítulo de Pentecoste, falou a respeito deste projeto a cerca de 3 mil irmãos presentes. Ficou decidido o envio de irmãos para a Tunísia e o Marrocos. O próprio Francisco escolheu ir ao Egito. Com alguns confrades, tomou um dos navios destinados a levar reforços aos cruzados em Damieta. Desse modo, em julho ou agosto de 1219, chegou ao Egito. Notando o desregramento no acampamento dos cruzados, bem como o espírito de rixas e avareza dos mesmos, Francisco ficou persuadido de que não se tratava, aqui, de uma "guerra justa". Tentou, então convencer os soldados e o chefe da Cruzada, Cardeal Pelágio Galvon, a fazerem um armistício e a aceitar a oferta de paz da parte do sultão Malek al-Kamil. Mas a política de poderio dos cristãos não admitia nenhuma intromissão. Fez-se tudo para obter uma vitória completa. Aos 29 de agosto, um exército muçulmano atacou os cruzados: seis mil foram mortos. Somente após esta derrota é que o Cardeal permitiu ao Poverello visitar o sultão, mas por próprio risco.
Acompanhado por Frei Iluminado, Francisco atravessou a terra de ninguém entre os acampamentos militares e chegou ao sultão (cf. LegM 9,8). Como testemunha confiável, Jacques de Vitry descreveu esse encontro; "Durante vários dias, o sultão escutou atentamente a Francisco, que pregava a ele e a seus homens a fé em Cristo. Mas ele acabou por temer que alguns do exército se convertessem ao Senhor pelas palavras dele e passassem para o exército cristão. Por isso, ele ordenou reconduzi-lo ao acampamento cristão, com todas as honras e com escolta segura. Ao despedir-se, disse-lhe: 'Reza por mim, para que Deus me revele propício a lei e a fé que lhe agradam'" (histOcc 32).
Francisco, evidentemente, causou impressão. Mas não atingiu propriamente, o fim visado. Não conseguiu nem o martírio desejado, nem a esperada conversão do sultão, nem a paz entre cristãos e muçulmanos, pela qual ele já antes havia se empenhado. Não conseguiu absolutamente nada com sua nova idéia de uma cruzada sem armas. Mas a maneira como se apresentou ao sultão, constituiu-se em começo de uma nova práxis, um sinal profético para um novo modo de proceder. Francisco vivia o Evangelho: a tolerância e a franqueza, sem deixar de anunciar o Evangelho também explicitamente. Neste aspecto, ele próprio é igualmente a "forma minorum" (= forma dos menores), ou seja, o princípio formador dos frades menores.