O encontro de Francisco com o sultão foi um evento importante na sua vida e marcou sua evolução espiritual. Seus biógrafos tendes a subestimar este fato, focalizando somente os acontecimentos políticos e o fracasso na tentativa de convencer o sultão (cf. 1Cel 55). Na realidade, o encontro aprofundou o entendimento de Francisco. Alegrou-se com a presença viva de Deus entre os muçulmanos, porque eles adoram o Senhor de modo impressionante, conhecendo seu Deus através de um livro sagrado, de modo semelhante aos cristãos. Possivelmente, Francisco sonhava com um mundo onde muçulmanos e cristãos se enriqueceriam mutuamente com as idéias que ambos faziam de Deus.
Essa hipótese nos dá uma compreensão mais profunda de sua vida. Durante suas viagens missionárias, sua visão de Deus foi confirmada. Em contraste com a convicção dos cruzados, cujo Deus é um Deus guerreiro, o Deus dos irmãos franciscanos se revela em Jesus como um Deus humilde. Esse Deus humilde e servidor, revelado pela vida terrestre de Jesus, ajudou Francisco a fazer uma releitura da Bíblia (cf. Mt 16,24 - RegNB 1,3; Mt 19,19 - RegNB 1,5; Mt 5,39 - RegNB 14,4).
Tanto Francisco mo o papa leram os mesmos textos sagrados, porém, as compreenderam em sentido oposto: para a autoridade eclesial, o texto sobre "carregar a cruz de Jesus" significa a conquista dos lugares santos, enquanto que para Francisco as mesmas palavras foram um convite a uma vida sem posses e sem violência. Daí Francisco ter entendido que sua missão de paz deriva diretamente de uma "inspiração divina" (RegNB 16,3). Logicamente, não podia contar com a compreensão daqueles que se armaram para a guerra.
A unidade de vida e missão tem mais uma conseqüência. Francisco era próximo do povo comum no ambiente próprio dele: nos campos e nas oficinas, nas suas casas e nos hospícios dos leprosos, onde os irmãos serviam às pessoas, trazendo-lhes a paz. A procura da verdade seguia o mesmo processo. A vida se assemelha a uma viagem, onde se descobre a presença de Deus no meio de outros povos e onde se fica atento ao que Deus lhes fala através de novas situações. Francisco se recusava a entrar em disputas e discussões, porque estava convencido de que Deus é humilde. O seres humanos não são nem senhores nem donos da verdade, mas investigadores da verdade, onde ela aparece na história da humanidade e em toda a criação.
Essa proximidade para com os outros e a prontidão de servi-los corresponde mais uma espiritualidade leiga do que a espiritualidade dos clérigos. Por isso, quando a clericalização da Ordem começou a se impor, a espiritualidade de Francisco ficou em perigo mortal. Não é de admirar, portanto, que a espiritualidade do "submeter-se a todos" já não consta na Regra de 1223. Quando Francisco escreveu no seu Testamento "E eu trabalhava com minhas próprias mãos e quero trabalhar. E quero firmemente que todos os outros irmãos se ocupem num trabalho honesto" (Test 20), essas palavras são como que um eco distante e triste do seu antigo sonho.
Conforme seu axioma de evangelizar mais pelo exemplo do que por palavras, Francisco nunca considerou a pregação como um dos seus deveres mais prementes. A Igreja do seu tempo foi de outra opinião. A pregação da verdade tinha uma primazia essencial e foi considerada indispensável para garantir a salvação. Francisco, por sua vez, deduziu sua inspiração de uma convicção diferente, que reconhecia a presença de Deus também entre os muçulmanos, onde realizou muitos prodígios também no meio deles. Frente ao Islã, Francisco não assume nem uma atitude negativa, nem restringe a imagem de Deus dentro dos confins da Cristandade ou de uma teologia culturalmente contaminada. Pelo contrário, Francisco se entrega ao mistério divino da salvação, que abrange toda a humanidade, e espera pela inspiração divina antes de tomar uma decisão e agir.