No ano de 1209, Francisco e seus seguidores viajaram até Roma para buscar a aprovação do Papa para o seu modo de vida. Mas como aquele bando de mendigos, maltrapilhos e desconhecidos seria recebido pelo severo Inocêncio III? Francisco rezava e confiava. Afinal, não era o próprio Cristo que o estava conduzindo? Por coincidência ou providência divina, encontrava-se em Roma, nessa ocasião, o Bispo de Assis, grande admirador de Francisco. Graças a ele o Papa os recebeu.

Inocêncio III ficou maravilhado com o propósito de vida daquele grupo e, especialmente, com a figura de Francisco, a clareza de sua opção e a firmeza que demonstrava. Reconheceu nele o homem que há pouco vira em sonho, segurando as colunas da Igreja de Latrão (a igreja-mãe de todas as Igrejas do mundo!), que ameaçava ruir. O Papa reconheceu que era o próprio Deus quem inspirava Francisco a viver radicalmente o Evangelho, trazendo vida nova a toda a Igreja, naquele tempo tão distanciada dos ensinamentos de Cristo! Por isso deu a seu modo de viver o Evangelho a aprovação oficial da Igreja. Autorizou Francisco e seus seguidores a pregar o Evangelho nas igrejas e fora delas e os despediu com sua bênção.

Em 1212, 18-19 de março, na noite de domingos de Ramos, a nobre Clara di Favarone foge de casa e é recebida na Porciúncula. Em 1217, no dia 5 de maio, realiza-se o Capítulo Geral de Pentecostes na Porciúncula. Primeira missão para além dos Alpes e ultramarina. É feita a instituição de províncias.
Em 1219, no outono (setembro-dezembro), Francisco vai ao acampamento do sultão do Egito, Melek-el-Kamel (1218-38), e tem "entrevista"com ele.
O movimento franciscano cresce e Francisco entrega o governo da Ordem a Frei Pedro Cattani em 1220.

Em 1224, no período de 15 de agosto a 29 de setembro, Francisco, com Frei Leão e Frei Rufino, passa no Alverne, preparando-se com uma quaresma de oração e jejum para a festa de São Miguel Arcanjo. Em setembro, tem a visão do Serafim alado e recebe os estigmas.
Seu estado de saúde piora muito a partir deste ano. Era final de agosto, em 1226, pede para ser levado à Porciúncula. Chegado à planície, lança sua bênção sobre Assis. Nos últimos dias de vida, dita o Testamento, autotestemunho de incalculável valor para a vida e os propósitos de homem tão singular.

No dia 3 de outubro, à tarde, Francisco, morreu cantando "mortem suscepit". No domingo seguinte, 4 de outubro, é sepultado na igreja de São Jorge, na cidade de Assis, mas o cortejo fúnebre passou antes pelo mosteiro das Clarissas. No dia 16 de julho de 1228, Francisco foi canonizado.