Na antiga Província Franciscana da Imaculada Conceição, o Convento Santo Antônio sempre foi considerado a Casa-Mãe, pois era o centro de onde partia a ação franciscana para as Capitanias do Sul.

Ele chegou ao auge no início do século 18, quando 120 religiosos moravam nele. Mas também acompanhou de perto a decadência da Província, assim como de todas as Ordens religiosas no Brasil. Foi, exatamente, na primeira metade do século 19 que o Governo Imperial proibiu noviciado e profissão nas ordens religiosas, espalhando a crise na Igreja. Nem as esporádicas licenças dadas pelo governo para aceitar noviços conseguiam barrar a decadência que, em 1825, se tornara vertiginosa e, em 1855, irreversível. Aos 19 de março de 1855, o governo imperial baixou uma portaria, achando "por bem cassar as licenças concedidas para a entrada de noviços nessa Ordem". Foi a sentença de morte para todas as Ordens.

Em 1870, com a morte do Provincial Frei Antônio do Coração de Maria, Frei João do Amor Divino Costa ocupou o cargo. Desde 1878, Frei João era o único sobrevivente da Província. Morava fora do convento, mas defendia e mantinha os direitos da Província sobre todos os conventos. Sabia que com a sua morte todos os bens passariam às mãos do governo. Apesar disso, somente aos 26 de abril de 1899 admitiu à Província dois frades pertencentes à Província alemã de Santa Cruz, que já desde 1891 enviava religiosos para restaurar as duas Províncias no Brasil (a da Imaculada e a de Santo Antônio, no Nordeste). Um deles era Frei Diogo de Freitas, nascido em Humildes, na Bahia, que sendo seminarista secular, entrou na Ordem no dia 1º de novembro de 1894. O outro era Frei Crisólogo Kampmann, da Província de Santa Cruz.

Frei João faleceu em quase total abandono, dia 7 de dezembro de 1909, cerca de 17:30 horas. Já agonizante, Frei Diogo de Freitas lhe administrou os Santos Óleos, depois de ter durante todo o dia o acesso barrado ao doente. A venerável Ordem Terceira da Penitência, da qual foi Comissário desde 1885, mandou embalsamar o corpo e às suas expensas o sepultou no seu cemitério da praia do Caju.